Как удалить иконку с Tray?

Для удаления иконки вы должны знать ее ID и дескриптор окна-обработчика сообщений.

Для удаления иконки с Tray надо вызвать функцию Shell_NotifyIcon() с параметром NIM_DELETE и указателем на экземпляр структуры NOTIFYICONDATA, у которого должны быть заполнены следующие поля: cbSize, hWnd, uID.